故事發(fā)生在戰國時(shí)代，出生于三流貧窮忍者之家的少年亂太郎（加藤清史郎飾），肩負著(zhù)父母的期望進(jìn)入了一流忍者學(xué)?！绦g(shù)學(xué)園——學(xué)習。該學(xué)園最早由天才忍者大川平次渦正（平干二朗飾）創(chuàng )立，如今他雖年事已高，卻仍然武功高超，而且搞怪不斷。他更帶領(lǐng)忍者學(xué)園與死對頭稗田八方齋（松方弘樹(shù)飾）展開(kāi)了連番激斗。忍術(shù)學(xué)園的學(xué)生們被稱(chēng)為“忍者之蛋”（簡(jiǎn)稱(chēng)“忍蛋”），亂太郎被編入一年葉組（一年は組），在此他結識了富商之子新兵衛（木村風(fēng)太飾）和父母雙雙陣亡的霧丸（林遼威飾），三個(gè)小家伙結成了情深意篤的三人組，從此開(kāi)始了他們充滿(mǎn)補習、重考和各種失敗的快樂(lè )學(xué)校生活。\r　某一天，四年葉組出身于理發(fā)世家的齊藤鷹丸（溝口琢矢飾）和父親齊藤幸?。官R丈史飾）在家中遭到刺客萬(wàn)壽鳥(niǎo)（竹中直人飾）、土壽鳥(niǎo)（石垣佑磨飾）的襲擊。原來(lái)，齊藤父子曾是八方齋麾下毒竹忍者隊的成員，雖然早已脫離了這個(gè)邪惡的組織，但是忍者隊還是緊追不舍，誓要取齊藤父子的性命。在這危急關(guān)頭，園長(cháng)和八方齋約定了一場(chǎng)對決，只要忍術(shù)學(xué)園能夠沖入毒竹山敲響打鳴寺的大鐘，忍者隊就徹底放棄齊藤父子。正所謂初生牛犢不怕虎，一年級的小忍蛋們，在高年級生的支持下決定挑戰這個(gè)困難而危險的對決。一方是初入學(xué)園的新生，一方是擁有豐富實(shí)戰經(jīng)驗的專(zhuān)業(yè)忍者，亂太郎他們能否取得最后的勝利呢？